玉米RAV基因家族鑒定、密碼子偏好性及表達(dá)分析

摘要： 利用RAV基因特有結(jié)構(gòu)域，通過pfam和HMMER軟件進(jìn)行篩選剔除不完整或重復(fù)序列，從5個玉米自交系基因組中共鑒定出241個RAV家族成員，并使用鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹，將玉米和擬南芥RAV基因家族分為9個亞族。分析顯示，同一亞族RAV基因具有相似結(jié)構(gòu)域、基因結(jié)構(gòu)和motif分布。共發(fā)現(xiàn)87個共線性基因?qū)?，其中Zm-Oh43-RAV基因家族主要存在串聯(lián)重復(fù)基因?qū)Γ渌?個玉米自交...