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易基因m6A RNA甲基化測序（MeRIP-seq）研究快速出成果，自送樣到見刊僅90天
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近日，福建醫(yī)科大學朱安團隊利用m6A甲基化測序及對應的轉錄組分析研究胡蔓藤堿乙（Humantenine）對人結腸癌細胞HCT116的 mRNA m6A修飾及表達的影響。研究成果以“Effect of Humantenine on mRNA m6A Modification and Expression in Human Colon Cancer Cell Line HCT116”為題在《Genes》期刊發(fā)表。易基因為本研究提供MeRIP-seq和RNA-seq服務。
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摘要：
胡蔓藤堿乙（Humantenine）是一種從藥用草藥鉤吻（學名:Gelsemium elegans(Gardner & Chapm.) Benth.）中分離出來的生物堿。據報道會引起腸道刺激，但潛在的毒理學機制仍不清楚。本研究旨在研究經Humantenine處理的人結腸癌細胞系HCT116中的 RNA m6A 修飾和不同的 mRNA 轉錄組圖譜。作者通過高通量的MeRIP-seq和對應的mRNA-seq分析，揭示了異常的RNA m6A修飾和mRNA表達在Humantenine誘導的腸細胞毒性中的作用。結果發(fā)現HCT116細胞經Humantenine處理后，差異mRNA m6A修飾和差異mRNA表達中有1401個重疊基因。KEGG通路和GO富集分析結果表明，細胞骨架(actin cytoskeleton)、緊密連接(tight junctions)、粘著連接(adherens junctions)富集，共有11個RNA m6A甲基化調控因子出現差異表達，Humantenine組中靶基因的m6A甲基化發(fā)生紊亂。綜上所述，本研究提示Humantenine誘導的HCT116 細胞損傷與mRNA m6A 調控因子異常表達及靶基因m6A甲基化水平紊亂相關。
圖：Humantenine誘導與緊密連接、粘附連接和細胞骨架調控相關基因的異常m6A甲基化，破壞mRNA 翻譯、儲存和衰變
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方法：
人結腸癌細胞系 HCT116在9cm培養(yǎng)皿中培養(yǎng)，經Humantenine處理48小時后，將細胞在PBS中洗滌兩次，用裂解液裂解后提取總RNA，在深圳市易基因科技有限公司進行高通量m6A MeRIP-seq和mRNA-seq。
結果圖形：
（1）HCT116 細胞經Humantenine處理后的MeRIP-seq和 RNA-seq分析
圖1：Humantenine組和對照組的 m6A 修飾模式
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（2）差異甲基化基因和差異表達基因分析
圖2：Humantenine組和對照組的差異m6A甲基化修飾基因和差異表達基因
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（3）差異mRNA m6A修飾和差異mRNA表達重疊基因的KEGG和GO分析
圖3：1401個差異mRNA m6A修飾和差異mRNA表達重疊基因的KEGG通路分析(左)和GO富集分析(右)
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（4）差異甲基化基因的潛在RNA m6A調控因子
圖4：富集基因與差異表達RNA m6A甲基化調控因子間的關系
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（5）Humantenine 與不同表達的RNA m6A 修飾調控因子的分子相互作用
圖5：Humantenine與不同表達的RNA m6A修飾調控因子分子相互作用
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結論：
本研究繪制了經Humantenine處理的HCT116人結腸癌細胞的mRNA m6A修飾和表達圖譜。mRNA m6A調控的異常表達和靶基因紊亂的m6A甲基化水平，破壞了mRNA的穩(wěn)定、翻譯、儲存和衰變。本研究揭示了Humantenine誘導的腸道通透性增加的可能機制。
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關于MeRIP-seq
MeRIP通過m6A特異性抗體富集和測序，用于研究RNA的腺苷甲基化修飾。易基因自主研發(fā)微量RNA甲基化檢測技術，樣本起始量可降低至10-20μg，最低僅需5μg總RNA。
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關于m6A研究思路
（1）整體把握m6A甲基化圖譜特征：m6A peak數量變化、m6A修飾基因數量變化、單個基因m6A peak數量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修飾基因的功能分析
（2）篩選具體差異m6A peak和基因：差異m6A peak鑒定、非時序數據的分析策略、時序數據的分析策略、差異m6A修飾基因的功能分析、差異m6A修飾基因的PPI分析、候選基因的m6A修飾可視化展示
（3）m6A甲基化組學&轉錄組學關聯分析：Meta genes整體關聯、DMG-DEG對應關聯、m6A修飾目標基因的篩選策略
（4）進一步驗證或后期試驗
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有RNA甲基化測序需求的老師可致電：0755-28317900
科研合作，找易基因，發(fā)文快！
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參考文獻：https://doi.org/10.3390/genes13050781
Nature | DNA甲基化測序助力人多能干細胞向胚胎全能8細胞的人工誘導
項目文章｜DNA(羥)甲基化研究揭示鐵離子依賴表觀調控促進狼瘡致病性T細胞分化
項目文章 | oxBS-seq揭示了宮頸癌發(fā)生過程中的表觀遺傳特征變化
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本文摘自 ：https://www.cnblogs.com/
